La Secretaría de Gobernación (Segob) ha documentado desde el año 2010 un total de 20 conflictos religiosos en el estado de Oaxaca, de los cuales 11 según la dependencia federal ya se se concluyeron.
Por su parte, la Secretaría General de Gobierno (Segego) ha informado a Noticias que en la entidad aún están vigentes 13 de este tipo de conflictos en algunas comunidades de la entidad.
Los problemas religiosos en la entidad han dejados varios muertos y familias desplazadas. De acuerdo con la Comisión para el Diálogo con los Pueblos Indígenas del Gobierno Federal, en los últimos años, unos 20 conflictos por intolerancia religiosa en Oaxaca condujeron al desplazamiento de dos docenas de familias que todavía no han regresado a sus hogares.
La masacre de Agua Fría, en la que fueron asesinadas 26 personas en el año 2002, también se relacionó con creencias religiosas; además del conflicto agrario y forestal entre Santiago Xochiltepec y Santo Domingo Teojomulco, del distrito de Sola de Vega.
En Youheshe, Oaxaca, hubo un conflicto entre evangélicos y católicos, que provocó el desplazamiento de más de 200 personas por intolerancia religiosa; en San Juan Ozolotepec, localizado en la Sierra Sur, la clausura de un templo evangélico provocó que unas 20 familias hayan sido desterradas.
Mientras que el 9 marzo de 2015 murió el militante del PAN, Ricardo Mendoza Palacios, y otras siete personas resultaron heridas, tras una disputa por el control económico de El Pedimento, en el Santuario de la Virgen de Juquila.
Conforme a la información de la Segob, los municipios en donde aún permanecen conflictos religiosos son Estancia de Morelos en Santiago Atitlán, Santiago Teotlaxco, Santa María Yohueche, San Baltazar Yatzachi, Rancho Las Flores y El Aguilucho de Santa María Tlahuitoltepec, San Miguel Soyaltepec, San José Monteverde, agencia La Chachalaca municipio de Santiago Camotlán, y Tamazulapam Villa del Progreso.
La Congregación Cristiana de los Testigos de Jehová, según los registros de la Segob, es la que ha sufrido mayores agresiones de acuerdo a las denuncias promovidas con un total de ocho en igual número de municipios.
Otras iglesias que también han interpuesto denuncias son el Centro Cristiano de Restauración Fuerza Ágape de la República Mexicana, Iglesia de Dios de la Profecía, Defensoría Cristiana de Derechos Humanos, Concilio Principio y Fin en la República Mexicana, Cofraternidad Nacional de Iglesias Cristianas Evangélicas, Ministerio Evangelístico de Embajadores de Cristo y la Iglesia Adventista del Séptimo Día.
Los estados con mayores conflictos religiosos son Chiapas, Oaxaca y Guerrero; en menor número le siguen Puebla, Estado de México, Hidalgo, Michoacán y Morelos.
